El 23 de mayo empezó el segundo Grand Slam del año: Roland Garros, donde venía de ser eliminado en cuarta ronda el 2009 a manos de Robin Soderling, su única derrota en el torneo hasta ese entonces. El 31 de mayo de 2009 jugó su duelo de octavos de final contra el sueco y No. Una semana después jugó la final de la Copa Davis 2009 entre España y República Checa en el Palau Sant Jordi en Barcelona (tierra natal de Nadal), a disputarse entre el 4 y 6 de diciembre sobre tierra batida (bajo techo), esta fue la segunda final de Copa Davis que disputó en su carrera. Además contribuyo a su país para ganar su tercer título de Copa Davis en seis años.
En semifinales venció al chileno y cabeza de serie 12 Fernando González, también por doble 6-3 en solo 75 minutos para regresar a la final del torneo italiano tras 2 años. En tercera ronda aplastó al alemán Michael Berrer por 6-0, 6-1 en solo 54 minutos, de esta forma Nadal solo cedió 2 juegos en sus 2 primeros partidos en el Principado ofreciendo un recital de tenis, como dato, en 2 días, Rafa apenas estuvo 1 hora y 54 minutos en cancha. En semifinales, el mallorquín venció a su compatriota David Ferrer por un fácil 6-3, 6-2 en solo 1 hora y 15 minutos para así llegar a su sexta final consecutiva en el principado, ahí se midió nuevamente ante un tenista español, Fernando Verdasco, a quien destrozó por 6-0 y 6-1 para conquistar su sexta corona consecutiva en Montecarlo cortando una racha de 11 meses sin títulos, cediendo solo 14 juegos en el camino (la menor cantidad que ha cedido camino a un título), mostrándose imparable desde el fondo de la cancha en su mejor torneo.
Nadal partía como principal cabeza de serie por primera vez en el torneo parisino y tras el sorteo quedó del mismo lado del cuadro que Nikolái Davydenko y Fernando Verdasco, a quienes podría enfrentar en cuartos, y del británico Andy Murray, contra quien podría cruzarse recién en semifinales. 6 del mundo Fernando Verdasco, 4 meses después de su maratonico partido en semifinales del Abierto de Australia 2009, el mallorquín nuevamente se quedó con la victoria y de forma algo más cómoda por doble 6-3 en 2 horas de partido. A pesar de perderse 2 meses de la gira por problemas en su rodilla quedó con un registro de 5-3 en finales y fue número 1 del mundo durante la primera mitad de la temporada.
Durante la ceremonia de premiación, se le vio visiblemente emocionado, llorando durante varios minutos. En 3.ª ronda venció al ex número uno, el australiano Lleyton Hewitt, por un claro 6-1, 6-3, 6-1 en solo 1 hora y 51 minutos. Empezó desde la segunda ronda venciendo al Qualy portugués Frederico Gil por doble 6-2, en 3.ª ronda venció al belga Christophe Rochus por un claro 6-2 y 6-0. En cuartos de final debía medirse con David Nalbandian, pero el argentino no se presentó por lesión, de esta forma Rafa avanzaba a semifinales sin jugar, allí le tocó medirse contra su bestia negra, el ruso Nikolái Davydenko, a quien logró vencer sin contratiempos por un claro 6-3 y 6-2 para acceder a la final del torneo barcelonés por quinta vez consecutiva.
El 24 de mayo empezó el segundo Grand Slam de la temporada: Roland Garros, al cual Nadal llegaba como el 4 veces campeón defensor y como máximo favorito al título una vez más tras su espectacular gira de tierra batida. A la semana siguiente jugó el penúltimo Masters 1000 de la temporada: el Masters 1000 de Shanghái en China, el cual era un nuevo torneo Masters 1000 y en el cual sería cabeza de serie número 1 tras la baja de Roger Federer.
En semifinales del torneo parisino cayó ante el eventual campeón el serbio Novak Djokovic por un claro 2-6 y 3-6. Nadal gracias a que Federer cayese en segunda ronda logró situarse a 945 puntos del número 1 actual, Roger Federer, sabiendo que en las ATP Finals podría ser otra vez número uno del mundo, ya que empezando el torneo Federer perdería 200 puntos (quedando a 745) y Nadal nada ya que el año pasado no lo jugó por una lesión en la rodilla. Comenzó de forma sólida su torneo venciendo a Philipp Kohlschreiber, Victor Hănescu y Stanislas Wawrinka en sets corridos para acceder a semifinales, en semis se enfrentó a la sorpresa del torneo, el letón Ernests Gulbis, quien venía de ser verdugo de Federer, así fue como el talentoso letón llevó al 3.º set al rey de la arcilla por primera vez en esta superficie en la temporada.
Participaron nueve jugadores en 2 equipos (nombrados por los colores de la bandera de Haití); el equipo azul estuvo compuesto por Rafa, Novak Djokovic, Andy Roddick, Kim Clijsters y el suplente Bernard Tomic, mientras que el rojo por Roger Federer, Serena Williams, Lleyton Hewitt y Samantha Stosur. Melbourne City Football Club (2014-presente): El 23 de enero de 2014 se anunció que el Manchester City se había asociado con el equipo de la liga de rugby australiana Melbourne Storm para hacerse cargo del equipo Melbourne Heart FC que juega en la A-League. En segunda ronda venció al eslovaco Lukáš Lacko por triple 6-2, en tercera ronda venció al alemán y cabeza de serie 27 Philipp Kohlschreiber por 6-4, 6-2, 2-6 y 7-5 mostrando un buen nivel de tenis de cara a la cuarta ronda, ahí se midió al cañonero croata Ivo Karlović y lo venció con algo de dificultades por 6-4, 4-6, 6-4 y 6-4 para avanzar a la segunda semana en Melbourne sin muchos obstáculos.