Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo y el que le diera la corona a Junior en el estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano. Para el 2009, en el torneo apertura, se concretaba como nuevo DT Luis Fernando Suárez, el regreso de Aldo Leao Ramírez (después de jugar en México por un año), y jugadores como el brasilero Dermival Almeida Lima más conocido como «Baiano», y Andrés Orozco. Nacional clasificó al cuadrangular final del Torneo Apertura, donde se enfrentó al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al Atlético Huila.

En el torneo finalización de 2007 Nacional clasificó al cuadrangular final luego de pasar la fase de todos contra todos con 38 puntos y ocupando el primer ligar, en los cuadrangulares se enfrentó al América de Cali, al Cúcuta Deportivo y a Once Caldas, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá.

La final era esta vez contra Millonarios F. C. de Bogotá. Al principio de la temporada, entre el 28 de enero y el 31 de enero, jugó el torneo de carácter amistoso, Copa Cafam con otros 3 equipos, Millonarios F. C., América de Cali y Argentinos Juniors de Argentina. Entre enero y marzo de 1884, se disputó la primera edición del British Home Championship, que hasta su desaparición en 1984 fue el torneo de selecciones más antiguo de la historia. En el torneo el club no logra regularidad, perdiendo más partidos en condición de visitante, finalizando invicto en el Estadio El Teniente, sin embargo el elenco de Pablo Sánchez no logra pelear el torneo ni clasificar a la postemporada por un cupo a un torneo internacional, finalizando en la séptima posición con un rendimiento del 51%, finalizando así la era de Vitamina en O’Higgins.

El directorio que en ese momento estaba compuesto por Francisco Rajcevich y Patricio Mekis, fueron quienes llaman a Miguel León, este llegó con la banda a la calle Brasil de la ciudad, luego de largas jornadas y de la aprobación del directorio, a la fecha es el actual himno del club. En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación frente a sus rivales Millonarios F. C., Cúcuta Deportivo y el Deportivo Pasto (campeón de ese torneo). Esta fue la tercera vez que el conjunto ‘Verdolaga’ lograba coronarse campeón frente al América de Cali.

En la tercera fase le correspondió enfrentar al Expreso Rojo, el cual lo eliminó, Perdiendo 2-0 en Fusagasugá y ganándole 1-0 en Medellín. En el Torneo Apertura llegó a la final con América, camisetas de futbol originales perdiendo (2-1 en Cali y 0-1 en Medellín con goles de Jairo Castillo). El primer partido, disputado el 2 de noviembre en el Estadio El Campín de Bogotá, dejó un empate 0-0. El 9 del mismo mes, Nacional le ganó 2-1 a Millonarios F. C. en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín, lo que lo dejó como ganador en el resultado global 2-1 por ende campeón del torneo.

El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2-1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, obteniendo así el título nacional por novena ocasión. Nacional terminó 11° en la reclasificación, y un muy mal promedio de goles. Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B).

Nacional fue tercero en el fútbol colombiano, tras haber quedado en el camino en los cuadrangulares semifinales. En el primer partido, Nacional y Necaxa empataron 0-0 en Medellín. El primer partido en Cali finalizó 1-1 y el segundo partido jugado en Medellín finalizó 0-0. Nacional ganó 4-2 en la definición desde el punto penalti. Después se enfrentó nuevamente con The Strongest, pero esta vez perdió 3-2 en Medellín. ↑ «Regulations Relating to Advertising on the Clothing of Players, Club Officials and match Officials» (PDF). Para la temporada 2013/14 la principal novedad fue la segunda equipación, que por primera vez en la historia del club incluye los colores de la senyera, paginas de camisetas de futbol la bandera catalana.